Структура нового министерства предусматривает наличие двух заместителей министра. Ранее Дмитрий Милованцев был назначен одним из двух заместителей министра информационных технологий и связи Российской Федерации. Соответствующее распоряжение подписал 9 июля 2004 г. премьер-министр Михаил Фрадков. Дмитрий Милованцев с середины марта 2004 г. возглавлял Федеральное агентство связи РФ, а до этого в течение 1,5 лет был заместителем министра по связи и информатизации.

В конце июня 2004 г. Правительство утвердило положения о трех структурах министерства. Вслед за легализацией министерства информационных технологий и связи путевку в жизнь получили и три его структуры - Федеральная служба по надзору в сфере связи (ФСНСС), Федеральное агентство по информационным технологиям (ФАИТ) и Федеральное агентство связи (ФАС). Соответствующие постановления подписал 30 июня 2004 г. премьер-министр Михаил Фрадков.